Según el académico ALFREDO JÁCOME ROCA, cuando hace cinco siglos arribaron los primeros conquistadores a nuestro continente, encontraron que el manejo de las enfermedades que padecían los aborígenes estaba a cargo de los chamanes, médicos sacerdotes que combinaban el uso de hierbas medicinales y materiales orgánicos con diversos conjuros que pedían a los dioses la curación del paciente. En Europa la medicina seguía todavía los postulados galénicos, aunque comenzaba la época de cirujanos como Ambrosio Paré o de médicos y anatomistas como Vesalio, que le darían un toque más moderno y científico al ejercicio. Los nosocomios y hospitales se habían popularizado en los medios militares romanos, y también entre los árabes.
El primer hospital en nuestro territorio se levantó en Santa María la Antigua del Darién, ciudad fundada por Vasco Núñez de Balboa; el yerno de este -Pedrarias Dávila- a su vez fundó el nosocomio, bajo la protección de Santiago Apóstol (1513), el que contó con cincuenta camas, con el aparejo que suelen tener las camas de esta ciudad de Sevilla, según reza la Cédula Real. Ejercieron allí Pedro Álvarez Chanca (quien vino como físico en el segundo viaje de Colón), Rodrigo de Barreda y el maestre y cirujano Alonso de Santiago. Sobra contar que las enfermedades, animales feroces, venenosos y el clima tropical, ardiente, húmedo y tremendamente insalubre, arrinconaron a estos primeros conquistadores, por lo que once años después el hospital se trasladó a Panamá, donde –después de decapitar a Balboa- tomó el mando Pedrarias. Del istmo saldría luego la expedición de Francisco Pizarro, quien conquistaría el Perú.
Otros hospitales establecidos por los peninsulares fueron:
San Sebastián, en Kalamarí o Cartagena de Indias (1537). El bachiller portugués Juan Méndez Nieto, autor de los Discursos Medicinales, fungió de médico allí, al igual que el físico Pedro López de León, autor de un libro sobre cirugía y traumatología. En siglos posteriores se abrirían los hospitales de San Juan de Dios, San Carlos, del Espíritu Santo y la leprosería de San Lázaro. Doña María Barros Cabeza de Vaca hizo un hospital para mujeres a mediados del siglo XVII. Varios médicos ejercieron en la ciudad en el siglo XVIII, entre ellos Juan Gastelbondo.
Casa de Salud de García de Lerma (1528), Santa Marta, con seis camas.
Hospital San Pedro, en Santafé (1564), fundado por el obispo Juan de los Barrios, bajo la presidencia de Venero de Leyva. Este hospital –que inicialmente contó con sólo diecisiete camas- cambiaría luego de sitio y se transformaría en 1742 en el Hospital San Juan de Dios, siguiendo el modelo del Hospital de los Reyes de Navarra; este edificio fue construido por el Prior de la Orden de los Hermanos Hospitalarios del mismo nombre, a quienes se les había hecho entrega de la casa de salud en 1635. Con Jiménez de Quesada llegó el bachiller Antonio Díaz, quien ejerció como médico, pero sin título. El primer graduado fue Álvaro de Auñón y Cañizares (siglo XVI). En 1763 se abrió la primera botica, de los padres dominicos.
Hospital Real de Popayán (1713), manejado por los betlemitas. En 1789 llegó el doctor Pepe Iragorri, de origen vizcaíno.
Hospital San Juan de Dios, fundado en Santiago de Cali por el médico Leonardo Sudrot de la Garda en 1753, que luego fue manejado también por la orden hospitalaria.
Hospital de Cúcuta, de los hermanos hospitalarios de San Juan de Dios, inició labores en 1801, con el legado de don Antonio Fernández de Novoa.
Hospicio Hospital del Sagrado Nombre de Jesús, fundado en 1802 por Pedro Martínez de Pinillos en Mompox, que tenía como objetivo servir (más adelante) de universitario para la facultad reunida físico-médica.
En Medellín practicaron en el siglo XVIII Juan Cano, Pedro de Euse y Henri y Manuel Beato.
Los hospitales en la colonia eran además conventos de los hermanos hospitalarios, y había también reales hospitales manejados por otras órdenes.
Las primeras universidades iniciaron labores en Santafé y en algunas de ellas –como parte de la cultura- se enseñó medicina:
1580. Santo Tomás de Aquino
1622. Universidad Javeriana y Colegio de San Bartolomé. Allí dictó lecciones de medicina el protomédico Rodrigo Enríquez de Andrade.
1653. Colegio del Rosario, al que desde su fundación se le creó el curso de Prima Medicina, pero no se logró contar con profesores idóneos. En 1733, Francisco de Fontes dio una lección inaugural de medicina, pero no tuvo éxito en su continuación, pues la profesión tenía un prestigio muy modesto. Igual le sucedió después a Vicente Román Cancino. A comienzos del siglo XIX iniciaría por fin unas lecciones de medicina a cargo de Mutis y de Isla.
1694. Universidad Agustiniana.